Kylä on saanut nimensä tarinan mukaan Nikki-nimisestä tervan-polttajasta, joka hukkui kylän läpi virtaavaan ojaan, koska ei osannut uida. “Terva-Nikki” oli luultavasti hollantilainen liikemies Niklas van der Bucht, joka osti tervas-puita tervanpolttoon Porvoonjoen latvavesiltä.

Nikinojan kylä on ennen muinoin kuulunut Janakkalan hallintopitäjään. Kylä lienee syntynyt
1600-luvun alkupuolella. Vuonna 1775 Nikinoja liitettiin Mäntsälään.

Nikinojantie välillä Sulkava-Nikinoja-Lappila oikaistiin ja rakennettiin maantieksi 1930-luvulla.
Tie päällystettiin vuonna 1979. Nikinoja on nykyään noin 70 asukkaan kylä, kun 1950-luvulla
asukkaita oli suurimmillaan 272 henkilöä. Nyt lapset käyvät alakoulunsa Sulkavalla, jonne on
matkaa noin 5 km.